Sau 10 năm kể từ tập cuối của bộ phim truyền hình, đội phi hành đoàn trên tàu Sidonia đã chuẩn bị kỹ lưỡng cho cuộc chiến cuối cùng chống lại sinh vật không tương tác đáng sợ, Gauna. Mục tiêu của họ là định cư trên hành tinh thứ bảy trong hệ sao Lem, mở ra một tương lai mới cho nhân loại. Trong bối cảnh đó, mối quan hệ giữa Nagate và Tsumugi trở nên sâu sắc hơn. Nagate đã dành toàn bộ trái tim của mình cho Tsumugi, và tình cảm này đã trở thành nguồn động lực để anh chiến đấu vì tương lai của species. Tuy nhiên, một biến数 bất ngờ đã xuất hiện và thay đổi hoàn toàn tình hình. Một nhà khoa học già với âm mưu đen tối đã ẩn náu trong hình hài của một chàng trai trẻ, và những hành động của ông ta đã làm cho toàn bộ đội phi hành đoàn phải đối mặt với những thách thức mới và nguy hiểm. Liệu rằng Nagate và đồng đội của mình có thể vượt qua được khó khăn và bảo vệ tương lai của nhân loại? Hãy cùng theo dõi phim để khám phá những cuộc phiêu lưu gay cấn và đầy kịch tính.