Trong cuộc sống hàng ngày đầy rẫy những cuộc gặp gỡ giữa con người và quái vật, Natsume bất ngờ lại gặp gỡ người bạn học cũ Yuki. Cuộc gặp gỡ này đã khiến cho những ký ức cay đắng về lũ quái vật lại trỗi dậy trong tâm trí của cậu. Đúng lúc đó, Natsume may mắn gặp được nữ Yokai Tsumura - một nhân vật xuất hiện trong ký ức của một con quái vật mà cậu đã từng trả lại tên cho nó. Khi tìm hiểu về cuộc sống của Tsumura, Natsume biết rằng cô đang sống yên bình cùng với đứa con trai duy nhất của mình, Mukuo. Qua việc giao tiếp với họ, cậu cảm thấy tâm trí mình trở nên bình tĩnh hơn. Tuy nhiên, điều khiến Natsume lo lắng là thị trấn nơi hai mẹ con Tsumura sinh sống dường như đang che giấu những bí mật về các loài quái vật. Trên đường trở về sau khi điều tra vụ việc, một sự kiện bất ngờ xảy ra tại sân của gia đình Fujiwara. "Hạt giống quỷ" mà Kitty - một loài quái vật nhỏ đã ký sinh trên cơ thể Natsume, đã bất ngờ mọc thành cây và đơm hoa kết trái chỉ trong một đêm. Điều kỳ lạ hơn nữa là Kitty ăn quả na trông giống mình và sau đó lại chẻ làm ba, khiến cho Natsume không thể hiểu nổi. Đây là một tình huống đầy ẩn ý và kỳ lạ, khiến cho cuộc sống của Natsume lại một lần nữa trở nên đầy rẫy những điều bất ngờ và thú vị.