Kể từ khi X-Men đánh bại quyền lực của Magneto và bắt giam hắn trong một buồng nhựa kiên cố, vài tháng đã trôi qua. Tuy nhiên, một sự kiện bất ngờ đã xảy ra khi một người đột biến tên Nightcrawler xâm nhập vào Nhà Trắng và cố gắng ám sát Tổng thống, kích hoạt một phản ứng dây chuyền của các biện pháp chống lại những người đột biến trên toàn quốc. Trong lúc đó, Logan vẫn đang cố gắng khám phá những bí ẩn về quá khứ của mình. Cùng lúc đó, nhà khoa học William Stryker đã phát hiện ra địa điểm bí mật của trường học do Giáo sư X thành lập, đồng thời cũng đã tìm ra Cerebro - một công cụ quan trọng cho sự tồn tại của trường. Mystique, người từng là đồng minh của Magneto, đang lên kế hoạch để phá vỡ nhà tù và giải thoát cho người lãnh đạo của mình. Tuy nhiên, khi lực lượng của Stryker tấn công trường học của Giáo sư X, Logan, Rogue, Iceman và một số ít người khác may mắn thoát khỏi sự tấn công. Họ quyết định đến Boston để tìm kiếm sự giúp đỡ, và tại đó, họ形成 một liên minh không mong muốn với chính Magneto - kẻ thù cũ của họ. Mục tiêu của họ là ngăn chặn Stryker và cứu Giáo sư X trước khi quá muộn.
Kể từ khi X-Men đánh bại quyền lực của Magneto và bắt giam hắn trong một buồng nhựa kiên cố, vài tháng đã trôi qua. Tuy nhiên, một sự kiện bất ngờ đã xảy ra khi một người đột biến tên Nightcrawler xâm nhập vào Nhà Trắng và cố gắng ám sát Tổng thống, kích hoạt một phản ứng dây chuyền của các biện pháp chống lại những người đột biến trên toàn quốc. Trong lúc đó, Logan vẫn đang cố gắng khám phá những bí ẩn về quá khứ của mình. Cùng lúc đó, nhà khoa học William Stryker đã phát hiện ra địa điểm bí mật của trường học do Giáo sư X thành lập, đồng thời cũng đã tìm ra Cerebro - một công cụ quan trọng cho sự tồn tại của trường. Mystique, người từng là đồng minh của Magneto, đang lên kế hoạch để phá vỡ nhà tù và giải thoát cho người lãnh đạo của mình. Tuy nhiên, khi lực lượng của Stryker tấn công trường học của Giáo sư X, Logan, Rogue, Iceman và một số ít người khác may mắn thoát khỏi sự tấn công. Họ quyết định đến Boston để tìm kiếm sự giúp đỡ, và tại đó, họ形成 một liên minh không mong muốn với chính Magneto - kẻ thù cũ của họ. Mục tiêu của họ là ngăn chặn Stryker và cứu Giáo sư X trước khi quá muộn.
